农村合作医疗和社保冲突是有一定冲突的，尤其是社保当中的医疗保险。当出险时，用户不能同时享受到农村合作医疗和社保中的医疗保险，因此这二者大家参保一款即可。即使用户购买了农村合作医疗又购买了社保，也是无用的，根本不可以同时报销，且由于社保报销的范围要比农村合作医疗报销的范围广一些，建议用户可以去掉农村合作医疗。

用手机交农村合作医疗的流程如下：可以通过微信缴纳。点击微信，然后在微信的右下角界面选择“我的”按钮，然后进去一个新的界面，在新的界面中选择支付按钮，会跳转出一个包含城市服务的按钮，那么这个时候点击城市服务按钮，选择社保、地区，点击城乡居民社保缴纳，输入需要缴纳的证件号码，选择需要缴纳的档次，直接根据提示点击下一步即可，就可以完成新农村合作医疗缴纳了。根据相关法律规定可知，国家建立和完善新型农村合作医疗制度。

新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。