要看第一次扣款失败的原因才能确定，分为两种情况：

1、系统扣款失败

如果借款人还款账户里余额比较充足，可是因为系统的原因，比如碰到银行清算，或者是系统维护升级等，系统就不能在还款日这天扣款，一般要等第二天恢复了才扣款，这种情况不算逾期。

2、借款人原因

如果借款人的公积金贷款还款账户余额不足，加上公积金贷款没有宽限期，只要还款日当天没有扣款成功，就算第二天补扣成功了可仍然超过了还款日，为此是会逾期的。

借款人在办理公积金贷款时会和住房公积金中心签订协议办理按月对冲还款，还要提供本人的借记卡作为还款卡。如果是夫妻共同贷款，在确定好主贷人、次贷人后，要提供双方的借记卡作为还款卡。

公积金还款方式是由系统在还款日从还款账户里扣款，通常每月20日、25日为公积金固定扣款日期，借款人可以在贷款合同里看到底是哪个日期，首月还款和其他月份还款会有所不同。

刚开始还公积金时会要求在第一个月往还款卡里存一个月的月供作为启动资金，银行在还款日从还款卡里将其划走后，受托从公积金账户提取一个月的月供转入还款卡中，下个月就扣这部分钱来还房贷，如此反复。

划扣顺序为主贷人公积金账户→次贷人公积金账户→主贷人还款卡→次贷人还款卡。如果能一次性从一种方式中扣完当月还款本息，就不会再从其他账户进行扣款。